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有害生物进入水体或某些水生生物异常繁殖引起的水污染。 水体生物污染是由水体接纳医院、畜牧场、屠宰场和生物制品厂等的污水以及城市污水和地表径流而引起的。这些污水含有大量的病原微生物（病原菌、病毒和霉菌）、寄生虫或卵。病原微生物水污染危害的历史最久，至今仍威胁着饮用水安全和人类健康。 病原微生物数量大，来源多，分布广；病原微生物在水中存活时间长短与微生物种类、水质、水温、pH值等环境因素有关，在水中存活时间长的，人畜感染概率大；有些病原微生物不仅在生物体内（包括水生生物）能繁殖，而且在水中也能繁殖；有些病原微生物抗药性很强，一般水处理和加氯消毒的效果不佳。 钩端螺旋体、病毒和寄生虫及卵等常与病原菌共存而污染水体。钩端螺旋体来源于带菌宿主——猪和鼠类的尿液，它以水为媒介，经破损的皮肤或黏膜进入人体，引起出血性钩端螺旋体病。水中常见病毒有：脊髓灰质炎病毒、柯萨基病毒、腺病毒、肠道病毒和肝炎病毒等。世界各地广泛传播的传染性肝炎，主要是水体受污染所引起的。水中柯萨基病毒和人肠细胞病变为孤儿病毒侵入人体后， 在咽部和肠道黏膜细胞内繁殖，进入血液形成病毒血症，可引起脊髓灰质炎、无菌性脑膜炎等疾病。常见寄生虫有阿米巴、麦地那龙线虫、血吸虫、鞭毛虫、蛔虫等。这些寄生虫通过卵或幼虫直接或经中间宿主侵入人体，使人患寄生虫病。其卵和幼虫可以在水中长期生存。 传播疾病的昆虫，如蚊、蚋、舌蝇等，其生活史中某一阶段需在水中度过，它们传播多种疾病（如疟疾、尾丝虫病等），对人类健康危害很大。 此外，某些藻类在水中营养元素（如氮、磷等）过剩时，会大量繁殖，改变水体感官特征，使水体带霉烂气味，严重时可危及鱼类等生存。 大坝、水库等水利工程的兴建，使原来流动的水体成为静水水体，消落区和较浅的淹没区可能成为传播疾病的昆虫幼虫和某些寄生虫中间宿主适宜生存繁殖的场所。 生物水污染的防治措施主要有：①加强污水管理，特别对医院、畜牧场、屠宰场、制革厂等污水的生化处理及消毒灭菌净化的监督与管理；②控制向水域排放含氮磷的废水；③加强水生生物监测等。
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