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国家各级政府依据水行政管理职能设置的行政组织体系和确定的运行机制，它与国家的行政管理体制相适应。 中国水行政管理体制从中央到地方具有明显的连续性和对应性。随着国家政治体制和经济体制的不断改革，水行政管理体制也经历了不断发展、完善的过程。但由于国家管理社会事务的有限性，水行政管理职能也仅涉及防洪、抗旱、治河、灌溉、漕运、建设等几个方面，管理主体主要为中央政府。除在中央设置了专职的水行政管理部门外，地方政府管理水事务的机构并不系统，有专职的也有兼职的，在全国没有形成完整的水行政管理体系。中华人民共和国成立后，为促进水资源的合理开发，加强水利管理，从中央到地方都设置了水利机构，并按水系先后建立了七个流域机构，并明确了职责划分。1988年《中华人民共和国水法》颁布后，中央和地方人民政府进一步明确了各级水利机构为同级人民政府的水行政主管部门，确立了水利部门在水资源管理和开发中的地位。中国正在逐步健全和完善水利部、流域机构和地方水行政主管部门分层次、分级管理的国家水行政管理体制。为适应水行政管理的要求，1998年以来，地方在水行政管理方面进行了许多探索，不少地区把涉及水资源开发利用的管理职责归并在一起，由一个部门进行全面的综合管理，即水务管理。 在中央一级，根据有关法律、法规和国务院的有关规定，水利部为国务院的水行政主管部门，其他如建设部、交通部、国土资源部、国家环境保护总局、国家海洋局、国家气象局等行政管理部门，按照国务院授予的职责也承担了部分与其主管业务相关的涉及水资源的行政管理职能。 为了对水资源的开发利用进行科学、高效的管理，实行以流域为单元的全面规划、统筹兼顾、综合利用、发挥水资源的综合效益、建立流域管理与区域管理相结合的管理体系，水利部在七大江河设置了长江水利委员会、黄河水利委员会、淮河水利委员会、海河水利委员会、珠江水利委员会、松辽水利委员会和太湖流域管理局等7个流域机构。流域机构为水利部的派出机构，代表水利部在所在流域内行使水行政管理职能。同时地方政府在本行政区域内也设置了流域管理机构。 地方人民政府的水管理体制是省（自治区、直辖市） 水利（水务）厅（局）、地区（市）水利（水务）局、县（市）水利（水务）局、乡（镇）水利管理站。其中地区行署水利（水务）局是省级人民政府派出机构的水行政主管部门，乡（镇）水利管理站既是县（市）级水行政主管部门在乡镇的延伸，又是服务于当地的具有双重功能的基层水利组织。另外，新疆生产建设兵团也设有水利局，负责新疆生产建设兵团管辖范围内的水行政管理工作。
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