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1951年4月成立。建所之初，设在京都大学校本部（京都市内）。1962年部分研究室迁往京都府宇治市。1970年防灾研究所所有机构全部迁往该市。 防灾研究所成立之初，设有灾害科学基础研究、水害防御综合研究和震害风害防灾减灾系统研究3个部门。随着研究领域的不断扩大和深入，研究部门逐步增加，到1995年发展为拥有16个研究部门、4个研究中心、7个实验和野外观测所的研究机构。1996年防灾研究所进行较大规模的改组。改组后成为向全国开放的研究所，下设综合防灾、地震灾害、地基基础防灾、水灾害4个研究部门和灾害观测实验、巨大灾害、水资源3个研究中心。4个研究部门共有9个研究室。灾害观测实验中心由宇治川水理实验所、潮岬风力实验所、白浜海象观测所、穗高砂防观测所、大泻波浪观测所、德岛滑坡观测所等组成，分布在日本各地。火山活动观测所则设在九州南端的樱岛。3个研究中心下辖7个研究室，办公地均在宇治校区内。防灾研究所实验和观测设施完备，各野外观测所实现了数据采集自动化，宇治川水理实验所投资近100亿日元的4座新试验大厅于1998年建成。 防灾研究所的研究领域几乎包括地震、火山、滑坡、泥石流、洪水、风暴潮、强风和干旱等自然灾害的所有方面，对非工程防灾措施中人的行为和心理、社会保障系统以及风险管理等方面的问题也进行了大量研究。 2000年防灾研究所定编工作人员129名，其中教授16名，副教授12名，助手13名。另外作为开放研究所，还有4名客座教授和3名客座副教授。1999财政年度防灾研究所经费决算额为14.57亿日元。 该所十分注重灾害现场调查和资料收集工作。与世界许多国家特别是亚洲自然灾害多发国家和地区如孟加拉国、印度尼西亚的相关部门和学术机构建立了广泛的联系和交流。与中国进行课题合作研究的单位有中国科学院、水利部成都山地灾害与环境研究所和兰州高原大气物理研究所等。研究所研究人员同时也是京都大学教师，承担从大学本科到攻读硕士、博士学位学生的课程教学和指导工作。在该所进修或攻读学位的留学生约有30人。 日本自然灾害学会设在防灾研究所。编辑出版的刊物有日本自然灾害学会会刊《Journal of Natural Disaster Science》、《自然灾害科学》、《京都大学防灾研究所年报》等。 网址：http://www.dpri.kyoto-u.ac.jp
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