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加拿大水资源的开发、利用和管理工作由联邦政府和省政府共同承担。对沿国界的河流、湖泊，则由按照“边界水体条约”组成的国际联合委员会负责。 联邦的水资源机构主要是环境部，其他涉及水的机构还有地方经济发展部、公共建筑工程部和能源矿产资源部。 环境部（DOE）于1970年建立，主要任务是保护和提高加拿大的空气、水、土地等自然资源的质量及对它们进行合理的使用和研究工作。具体由环境管理司和大气环境司管理。环境管理司负责国内和国际水域、土地利用规划的制定和实施。国内水量水质的调查、研究及技术情报网规划，并提供水资源评价报告。大气环境司进行常规气象工作。 地方经济发展部（DREE）建于1969年，其任务是为一些落后地区制定发展计划。如协助农民开发私人农场的水利事业，协助各省开展水土保持和土壤改良工作。 公共建筑工程部（DPW）负责水利工程、港口码头以及运送木材所需要的滑道、堤、堰等工程的设计、施工和维修管理。 能源矿产资源部（DEMR）负责制定和执行各种能源（包括水电）的发展计划和方针政策。 省的水资源机构，以不列颠哥伦比亚（BC）省为例，设有土地森林和水资源部以及水利电力管理局。土地森林和水资源部的任务：①地表水的开发利用和管理。②调查研究灌溉和供水、水文、地下水。③为所有排放废水、废气的单位颁发许可证，并以废水条例的形式为特殊工业发布污染控制规范。④根据堤防维修法检查堤防的应用情况。水利电力管理局负责水利水电工程的设计、施工、管理和运行。 国际联合委员会（International Joint Commission，IJC）的任务是对加拿大和美国之间的国界河流、湖泊进行调查、管理等事项。当一个国家的边界河流由于改向或修建某项工程，影响了另一个国家的边界河流的正常水位或流量时，要有国际联合委员会批准。国际联合委员会还授权给两国政府水利部门，就有关上述的问题进行调查和提出报告。对这些报告，该委员会还需要提交两国政府讨论；对两国之间有争议的问题，该委员会可在两国达成协议的基础上处理解决。
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