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1991年苏联解体后，俄罗斯联邦水利机构几经变化。解体后不久，在俄政府下成立了水利委员会。1995年10月将水利委员会和地质部门合并组建为自然资源部。2000年5月又将环境和林业部并入了自然资源部。至此除渔业外，全俄自然资源方面的一切事务统由自然资源部管理。 俄罗斯自然资源部内设部长和两名第一副部长，一位第一副部长主管水利，另一位第一副部长主管地质。自然资源部内水利机构和职能为：供水和水资源综合利用与保护局主管供水工作、水量平衡、水资源状况分析、全俄水籍管理工作、水质保护与恢复、边界水等；水利司主管防洪、水利工程建设和运行管理、水系状况调节、水工建筑物观测、流域和地方水利事务协调等；水利发展与水资源再生局主管水利发展研究和预测、水利规划、流域管理协调等；另外成立申请用水与发放用水许可证管理处，负责用水审批和用水许可证的发放工作。 自然资源部水利方面下设上伏尔加河、中伏尔加河、下伏尔加河、莫斯科河、卡马河、别尔斯克河、顿河、涅瓦河—拉多什湖水系、西里海、库班河、乌拉尔河、德汶斯克—伯绍拉水系、叶尼塞河、安加拉河—贝加尔湖水系、上鄂毕河、阿穆尔河、亚速海水系等流域管理局，负责各流域的水资源开发、利用和保护工作，以及流域内水库的运行管理和水利工程建设。此外，该部还直接领导全俄水资源综合利用与保护研究总院（有9个分院），负责全俄水资源综合利用与保护的科学研究以及有关工程的设计工作。
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