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巴基斯坦政府机构中主管水利的是水利电力部，联邦防洪委员会，环境、地方政府和农村发展部也负责部分水利工作。水利电力部主管水利和电力业务；联邦防洪委员会负责全国防洪规划；环境、地方政府和农村发展部负责水环境管理和污水治理、城市供水和排水等。 水利电力部下属的水电建设局（Water and Power Development Authority）是巴基斯坦从事水利电力建设和管理的主要机构，简称“瓦普达”（WAPDA）。该局成立于1958年，设在拉合尔市，负责全国水利电力工程建设的调查、勘测、规划、设计和施工，以及大型工程的运行管理，包括发电和输配电、灌溉排水和供水、盐碱化防治和改良、防洪及航运等。水电建设局下设水利、电力、财政、工程规划等业务部门及审查、行政管理和秘书等职能部门。水利及电力两个主要业务部门，又按地区和业务分设若干机构。水电建设局成立以来，建设的重要工程有塔贝拉坝、曼格拉坝、印度河流域调水工程等，编制了印度河下游平原的“防治土壤盐碱化和土壤改良计划”（斯卡普计划）等。至1999年，水电建设局建设的电力装机容量占全国的3/5，达到9945mW，其中水电4825万MW。 巴基斯坦主要水利科研机构有水利电力部所属的巴基斯坦排水和土壤改良研究所，科学技术部所属的国际渍涝和盐碱化研究所，水电建设局所属的斯卡普监测组织，旁遮普省灌溉和电力局所属的灌溉研究所。
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